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1间质性膀胱炎一定要积极治疗，因为不积极治疗可能导致严重的肾衰竭而使得病人死亡。治疗可以选用一些免疫制剂类的药物进行，这类药物最突出的代表就是氢化可的松或者是泼尼松。选用硫唑嘌呤也是可以的。
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2一些抗组胺类的药物是可以用来治疗此病的，代表的药物类型是曲吡那敏。肝素通过肌肉注射液可以用于治疗此病，肝素在用药之后的十二个小时之内症状就有明显的减轻。长效肝素治疗的作用更好。
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3治疗间质性膀胱炎还有一些其他的药物，比如说可以使用维生素C口服进行治疗，还可以通过氯喹口服以及雌激素或则抗胆碱的药物口服。这些药物虽然尅起到治疗间质性膀胱炎的作用，但是效果不是特别明显。
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间质性膀胱炎还可以通过膀胱灌注给药的办法加以治疗。这样的给药方式一般是选用的硝酸银溶液配合丁卡因进行治疗。一次治疗保留药液四分钟左右，可以立刻就取得缓解症状的作用。