生育期妇女孕酮水平低的根本原因是由于卵巢的黄体分泌孕激素水平不足所造成的，具体如下：
1、经常吸烟饮酒、长期过度劳累、情绪变化过大、长期过度节食等不良的生活习惯，使卵巢正常的内分泌功能紊乱，卵巢黄体功能不全，是导致孕酮水平过低最常见的原因之一。
2、怀孕早期的女性，如果受精卵着床位置异常或者发育异常，使体内HCG值水平降低，不能维持妊娠黄体正常的内分泌功能，自然会导致孕酮水平过低。
3、患有甲状腺功能低下、肾上腺功能异常等内分泌系统疾病的女性，也有可能出现孕酮水平不足。
4、饮食结构过于单一，维生素C、维生素E、优质脂肪酸等营养素缺乏，使卵巢失去正常的滋养，内分泌功能异常而出现孕酮过低。