甲氨蝶呤通常早期的副作用是口腔黏膜溃疡，最常见的副作用包括溃疡性口腔炎、白细胞减少、恶心、腹部不适等，具体症状如下：
1、胃肠道反应：伴随口腔炎、口唇溃疡、咽炎，出现恶心、呕吐、食欲减退以及腹痛、腹泻、消化道出血等，严重时可能出现伪膜性肠炎，甚至是出血性肠炎。如果出现严重胃肠道反应，这部分患者可能需要暂时停药，并且在医生指导下对症处理；
2、肝功能损害：用药过程中需要注意加强肝功能监测，如果出现肝功能检查结果异常，包括转氨酶升高、肝细胞坏死，需要及时减量或者停药；
3、肺部损害：表现为发热、咳嗽、呼吸困难、胸痛等；
4、骨髓抑制：包括白细胞、血小板减少，尤其是在长期口服的状态下，对于血象抑制更为明显。