如果遵医嘱正确服用灵芝治疗疾病，一般没有副作用，少数患者在服用灵芝后可能会出现头痛等不适，建议患者在用药前就诊中医内科，由医师完善望、闻、问、切四诊后，再合理服用灵芝。
灵芝是一种中药，味甘，性平，灵芝入心、肺、肝、肾经，能够起到补心血、益心气、安心神的作用，对于心神不宁、失眠心悸等病症具有一定治疗作用。灵芝入肺经，能够起到补益肺气的作用，所以对于咳喘也有治疗效果。灵芝药性平和，无毒，遵医嘱正确服用无副作用，并且可以调益五脏，为滋补强壮之良药，扶正固本之佳品。
但是服用灵芝后，部分患者初期可出现头晕、骨骼酸软、皮肤瘙痒、口干、咽干、口唇起泡、大小便稍频、腹胀、腹泻等现象。此类副作用比较轻微，无需停药，继续服药几天后症状可以消失。
现代药理学研究中发现，灵芝还具有抑制血管紧张素转化酶活性、抑制血小板聚集的作用，所以孕妇、儿童等人群，以及准备手术的患者一般不宜服用灵芝，以免对身体产生不良影响。